一、基于一代测序技术的微卫星杂合性缺失检测判断多结节性和复发性肝细胞癌的克隆来源

1.检测适用对象：

（1）手术探查发现2个或2个以上的肿瘤结节，且经过术后病理诊断为多结节型肝细胞癌患者，

（2）再次在我院进行肝细胞癌切除的患者

2.检测技术方法及平台：多重荧光PCR+片段分析、ABI3500一代测序仪

3.检测意义：

    在多结节肝癌中，IM属于单克隆起源，肝内的多个病灶是癌细胞在肝内扩散，手术难以彻底切除，手术效果不佳；MO属于多克隆来源，各个结节的生物学行为和单发病灶的肝细胞癌相同，手术效果较好。同样，复发性肝癌也可分为IM和MO，分别代表术后残留癌灶复发和肝细胞二次癌变形成的二次原发病灶。目前，国内公认的判断肝细胞癌克隆性起源的方法是检测癌组织不同微卫星（Microsatellite）位点是否出现杂合性缺失（Loss of heterozygosity，LOH）。通过对10个微卫星位点（D16S514、D16S419、D17S938、D16S505、D13S268、D8S246、D1S243、D8S520、D1S507、D17S831）进行一代测序来分析是否存在LOH，以微卫星位点中两种等位基因的相对强度比与正常组织的等位基因强度比之间的比值（Allele ratio）作为判定依据，当Allele ratio＜1.6或＞1.67时判断为出现LOH。如果肿瘤结节之间LOH模式不同的位点数目/信息位点数目=0%判断为IM，≥30%判断为MO，其余判断为无法判断克隆起源。

二、 甲状腺乳头状癌人类基因BRAF基因V600E突变检测

1.检测适用对象：

（1）超声诊断怀疑为甲状腺恶性肿瘤，需要进行细针穿刺活检的患者

（2）术中冰冻证实为甲状腺乳头状癌的患者。

2.检测技术及平台：ARMS荧光定量PCR、ABI 7500荧光定量PCR仪

3.检测意义：

甲状腺癌是最常见的内分泌系统恶性肿瘤，其发病率近年来快速上升。目前，甲状腺细针抽吸细胞学检查（fine-needle aspiration cytology，FNAC）以其微创、易行及准确率高的特点，成为临床上诊断甲状腺结节良恶性最常用的方法，但仍有20%的病例无法明确诊断。检测B超引导下甲状腺结节穿刺细胞中的BRAF V600E突变可辅助细胞学诊断，提高诊断的灵敏度和准确率。同时，BRAF V600E突变与PTC恶性特征具有相关性，如肿瘤大小、侵袭性及不良预后等。BRAF V600E突变患者具有更差的碘摄入率及更高的复发概率和病死率，长期预后不佳。术前检查BRAF V600E基因突变可辅助预测PTC术后复发风险、指导手术切除范围及术后后续治疗。

三、MSI检测

1.检测适用对象：

（1）确诊为实体瘤，且有意向进行抗PD-1/PD-L1治疗的患者。

（2）结直肠癌患者。

2.检测技术方法及平台：多重荧光PCR+片段分析、ABI3500一代测序仪。

3.检测意义

    微卫星(Microsatellites)是遍布于人类基因组中，以几个核苷酸（多为1-6个）重复出现的短串联重复序列（Short tandem repeat， STR）。包括结直肠癌、胃癌等在内的肿瘤组织会出现DNA 错配修复（Mismatch repair，MMR）功能异常，导致微卫星位点的复制错误，引起简单重复序列的增加或丢失而导致微卫星长度的改变，即微卫星不稳定性(Microsatellite Instability，MSI)。根据肿瘤中出现微卫星不稳定性的程度，可将其分为微卫星高度不稳定性（MSI-high, MSI-H）、微卫星低度不稳定性（MSI-low, MSI-L）及微卫星稳定（Microsatellite stability， MSS）。MSI和结直肠癌发生发展密切相关，它是Ⅱ期结直肠癌预后因子，MSI-H表型的结直肠癌虽然常分化较差，但通常预后转归较好；同时MSI检测也可以辅助Ⅱ期结直肠癌化疗方案的选择，国内外权威指南认为MSI-H表型的结直肠癌患不会从氟尿嘧啶类单药辅助治疗中获益；并且，对转移性结直肠癌患者免疫检查点抑制剂治疗具有强烈的预测价值。因此，美国国立综合癌症网络( National Comprehensive Cancer Network, NCCN) 结直肠癌临床实践指南及中国临床肿瘤学会( Chinese Society of Clinical Oncology, CSCO) 结直肠癌诊疗指南推荐将MSI检测用于所有结肠直肠癌( Colorectal cancer, CRC) 患者。多重荧光PCR毛细管电泳法是当前公认的检测MSI的金标准，利用该技术对6个MSI位点（NR-21、BAT-26、NR-27、BAT-25、NR-24、MONO-27）进行检测，当不稳定的单核苷酸重复位点个数为2个以上时可判定为MSI-H，进而为临床治疗方案的选择提供参考作用。MSI-H 表型还存在于包括胃癌、小肠癌、子宫内膜癌、尿路上皮癌、胰腺癌和胆管癌等多种实体瘤中，指南推荐对于此类肿瘤的晚期实体瘤患者，经标准治疗失败后，如考虑跨适应证采用免疫检查点抑制剂治疗，均应进行MSI检测。因此，在本院开展MSI检测具有重要的意义。

四、NSCLC十基因检测（EGFR、ALK、ROS1、BRAF、MET、HER-2、RET、NTRK1、PI3K、MEKI）

1.检测使用对象

    病理确诊为肺腺癌的患者

2.检测技术方法及平台：多重荧光PCR+片段分析、ABI3500一代测序仪。

3.检测意义

    EGFR突变在亚裔、女性、腺癌、既往少量或无吸烟史等临床的患者中常见，EGFR检测可以指导EGFR-TKI类药物的靶向药物的使用。ALK基因重组占非小细胞肺癌的4%-7%，更容易出现在既往少量或无吸烟史和年轻的患者身上，ALK融合检测可以指导克唑尼、阿来替尼等靶向药物的使用。肺腺癌中ROS1基因突变者约占非小细胞型肺癌总数的3%，ROS1基因融合检测可以指导克唑替尼的靶向治疗。肺腺癌里BRAF基因V600E占了50%左右。存在BRAF基因突变的肺癌患者对维莫非尼、达拉非尼等靶向药物敏感。MET是一种络氨酸激酶受体，它的过度激活与肿瘤发生、发展、预后与转归密切相关。大约7%的NSCLC患者可出现MET的过表达。C-MET如果扩增倍数较高（MET:CEP7比例大于5）可能对MET抑制剂有较好的反应率，如卡博替尼、克唑替尼等。KRAS突变可能对EGFR-TKI类药物效果不佳。HER-2是一个增殖驱动，它在非小细胞型肺癌中的异常表现为扩增、过表达和突变。在NSCLC中，HHER-2突变占1%-2%。RET对于年轻的，不吸烟的患者来说，概率可以提升到7%-17%。卡博替尼、凡德他尼、舒尼替尼和普纳替尼等酪氨酸激酶抑制剂早已被批准应用于RET阳性的其他肿瘤。NTRK1基因能编码高亲和力的神经生长因子受体（TRKA），从而促进细胞分化。据报道，约有3%的没有其他已知癌基因突变的NSCLC患者肿瘤中可以发现NTRK1基因融合现象。PI3K信号通路是肿瘤存活和增殖的核心通路。据报道，PI3KCA扩增和突变分别占非小细胞肺癌的37%和9%。PI3KCA突变是肺鳞状细胞癌的不良预后因素。MEKI 是 BRAF 下游增殖信号通路的丝氨酸苏氨酸激酶，约 1% 的 NSCLC 存在 MEK1 突变，这种突变在肺腺癌中较肺鳞癌多见。

五、结直肠癌K-ras、N-ras、B-raf、PI3K联合检测

1.检测适用对象：

确诊为结直肠癌的患者

2.检测技术方法及平台：ARMS荧光定量PCR、ABI 7500荧光定量PCR仪。

3.检测意义

    指导西妥昔单抗（cetuximab）和帕尼单抗（panitumumab）的用药治疗

KRAS和NRAS突变型对西妥昔单抗基本不获益和预后不良。BRAF突变型对西妥昔单抗可能不获益和预后不良、辅助排除林奇综合征。PIK3CA突变的患者可能可以从阿司匹林药物治疗中获益，PIK3CA突变的患者，在结直肠癌中与预后不良有关。