1、吞咽障碍的评估与治疗领域：在国内首创导尿管球囊扩张术；吞咽障碍造影检查的规范化；率先使用吞咽通气说话瓣膜；率先开展咽腔高精度测压技术。所推广使用的先进技术已享誉香港及台湾及国外。  2、肉毒毒素注射治疗肌痉挛技术居于国内领先地位，编制的肌肉痉挛定位图广泛使用，率先开展超声引导下的肉毒毒素注射技术。  3、认知障碍的康复：开展电脑辅助的认知障碍训练，包括开发了系列认知障碍评估与训练记忆软件；研发VR集成环境的脑损伤主动康复系统等。

窦祖林教授30余年来一直从事临床医疗、教学与科研工作。在功能性吞咽障碍的评估与治疗、肉毒毒素注射治疗肌肉痉挛、脑损伤后的运动及认知障碍康复等方面经验丰富，特别在神经性吞咽障碍领域的诊治水平在国内处于龙头地位，作为中国吞咽障碍领域首席专家，在国际上享有盛誉。

 窦祖林教授领导的科研团队先后获得国家自然科学基金30项，本人主持面上项目4项，包括国家重点研发项目在内的各类各级科研课题60余项；获发明及实用新型专利15项；先后获广东省政府科学技术奖励二、三等奖各一项；主持《中国吞咽障碍评估与治疗康复专家共识（2013，2017版）》《吞咽障碍膳食营养管理中国专家共识（2019版）》等的编写。主编《实用瘫痪康复》、《痉挛评估与治疗》、《吞咽障碍评估与治疗》、《作业治疗学》等专著、教材与指南12部；副主编参编专著、教材20余部。在国内外专业杂志以第一作者或通讯作者发表论文160余篇，其中SCI收录全文32篇。

 现任中山大学附属第三医院康复医学科主任；广东省康复医学会会长；中华物理医学与康复杂志副总编辑；中国康复医学会吞咽障碍康复专业委员会主任委员，中国康复医学会科技管理与评审专业委员会副主任委员；中国神经科学学会神经毒素分会副主任委员