中医科，创建于1961年，2004年-2020年期间曾更名中西医结合科。2005年荣获全军中医药工作先进单位，2006年成为南京军区中西医结合中心，2007年被批准为国家中医药管理局中西医结合风湿病重点专病建设项目，2012年获得卫生部、国家中医药管理局和总后卫生部表彰为“全国综合医院中医药工作示范单位”,2017年被联勤保障部队党委授予先进基层党组织，2018年荣立集体三等功。2020年，科室蔡辉教授获评“江苏省名中医”称号。多人多次在执行军队重大任务包括赴赞比亚医疗援助、赴武汉火神山抗击疫情以及多次重大军事演习中获得表彰奖励

编制床位43张，工作人员53名。医生31名，医学博士6名，在职攻读博士学位4名，其中博士后4名（在站2名），医学硕士20名，硕士学位以上人员占83.9％，现有主任医师1名，副主任医师4名。

拥有双能骨密度仪、骨质疏松治疗仪等专科设备130多万元。年门诊量10万余人次，住院收治1600余人次，骨密度检测5000余人次。

特色诊疗项目包括：中西医结合治疗风湿类疾病、中西医结合心脑血管病康复、中西医结合治疗骨质疏松症、中西医结合肿瘤的特色诊治、内外妇幼疑难杂症特色诊治。开设针灸、推拿、中药熏蒸、穴位贴敷等特色疗法，骨密度检测，风湿免疫和骨质疏松专病门诊等。

其中，中西医结合治疗风湿病是国家中管局重点专病建设项目，该项目以类风湿关节炎、系统性红斑狼疮及骨质疏松症为龙头开展临床科研和教学工作。重视并强调风湿病及其心脑并发症的诊断和鉴别诊断，类风湿血瘀证，类风湿脂代谢等研究，为中医中药防治风湿病严重心脑并发症奠定了理论基础。临床治疗联合活血化瘀法提高疗效，并对“三七总皂甙、姜黄素”等活血化瘀药物治疗类风湿关节炎进行了系统的临床和实验研究，临床研究发表的文章主要有“三七总皂甙改善类风湿关节炎及相关指标的临床研究”、“类风湿性关节炎血小板参数变化与病情活动相关性的研究”、“类风湿关节炎患者脂质水平异常特征”、“类风湿关节炎患者骨密度与生化指标的相关性”；实验研究发表的文章主要有“三七总苷对大鼠佐剂性关节炎的治疗作用”、“三七总皂甙对佐剂性关节炎大鼠腹腔巨噬细胞产生炎性细胞因子的影响”、“三七总皂甙对佐剂性关节炎大鼠踝关节炎症及核因子-κB表达水平的影响”、“姜黄素对佐剂性关节炎大鼠滑膜病理的影响”等。此外，“从痹气理论探讨类风湿性关节炎发病机制”一文，对于类风湿关节炎的病因学进行了进一步的理论探讨，提出新的见解。系统性红斑狼疮发病机制的研究中引入中医络病理论指导临床实践，发表文章“中医络病理论与神经精神狼疮相关性的探讨与分析”，“中医络病理论与系统性红斑狼疮危象的证治关系”，探讨了“活血化瘀在神经精神狼疮中的作用机制”。

治疗上强调中西医结合。以循证医学临床指南为依据，应用冲击疗法、生物制剂、小分子靶向药物等现代手段，联合中医中药，成功救治狼疮危象、类风湿关节炎合并肺间质纤维化、抗磷脂抗体综合征、复发性多软骨炎、POEMS综合征、Castleman综合征、组织细胞坏死性淋巴结炎、Sweet综合征、Cogan综合征、IgG4相关疾病等多种罕见、疑难、急危重症，发表文章“系统性红斑狼疮合并颅内静脉窦血栓形成一例”、“成人重症传染性单核细胞增多症1例并文献复习”、“嗜血细胞综合征1例并文献复习”、“费尔蒂综合征1例”、“成功救治急性重症心肌炎一例”、“RS3PE综合征1例报道并文献复习”、“男性系统性红斑狼疮并发急性心肌梗死1例分析”为典型救治实例。科室以“不明原因发热”鉴别诊断为牵引，带动自身免疫性风湿病、自身炎症性疾病、血液系统肿瘤的诊断、鉴别诊断与治疗，形成一定的规模效应，吸引大量“发热待查”患者前来就诊。

科室承担南京大学医学院《中医学》课堂教学工作30余年，是多所高校的硕士及博士学位授权点、东部战区总医院的博士后流动站。累计招收培养军地硕士、博士、博士后40余人次。作为国家住院医师规范化培训基地内科（风湿免疫科）专业基地，带教规培人员200余人次。拥有国际临床骨密度测量学会（ISCD）培训师资格，举办ISCD培训班多次。近10年来，获得军队中医药专项计划、国家自然科学基金、国家中医药管理局重点专病建设项目、博士后科研基金、院级科研基金20余项。在国内核心期刊发表论文380余篇，SCI收录论文30余篇，主编《新编风湿病学》、《新编骨质疏松学》等学术著作17部，研究开发寒痹丸、通脉活络散、气血双补口服液等13种纯中药制剂，在临床应用取得较好疗效。先后荣获中国中西医结合学会科学技术二等奖2项；中华中医药学会科学技术二等奖1项；军队医疗成果二等奖1项；军队科学技术进步二等奖1项；江苏中医药科学技术一等奖1项。被上级党委授予先进基层党组织2次；荣立集体三等功1次。