深圳市第三人民医院药学部属医技部门，设有办公室、临床药学室、药物浓度监测室、门诊西药房（下设肺科药房、爱心药房、GCP药房）、住院药房、门诊中药房（下设煎药室）、药库、静脉用药配置中心（PIVAS）等部门。经多年发展，正逐步成为集药品保障供应、药品管理、药学技术服务、药学教学、药学科研为一体的医院药学专业学科。

药学部各部门已全部实施了药品信息网络化管理。2011年门诊西药房引进了德国生产的Rowa Vmax自动药房系统，2012年和2020年住院药房分别引进了两台日本汤山全自动片剂摆药机，有效地提高药品调剂质量，增强病人用药安全，开创了药房自动化建设的新局面。2015年采用PDA预配发药，准确高效，大大缩短门诊患者的候药时间。2020年在发热门诊引进韦乐海茨生产的自助取药机，解决了传染病患者取药带来的院感风险。2020年底启用的静脉用药配置中心，配备有双人配液操作台11台（水平层流超净工作台7台、B2型生物安全柜1台和A2型生物安全柜3台），统排机2台、自动静脉配液机器人2台、全自动输液贴签机1台和静脉输液成品分拣机1台等智能化设备。加强了对药品使用环节的质量控制，确保静脉用药的安全和有效。

药学部依托深圳市肝病研究所成立的临床药学实验室，具有先进的药学科研设备和良好的实验室条件，参与深圳市新发传染病重点专科项目及药物临床试验工作，开展抗结核药物（异烟肼、吡嗪酰胺、利福平、利福布丁、利福喷丁）、抗菌药物（万古霉素、伏立康唑）、抗病毒药物（替诺福韦、依非韦伦）、抗排斥药物（他克莫司、西罗莫司、环胞素）等血药浓度监测及药代动力学研究。现为深圳市药学会治疗药物浓度监测专业委员会主委单位。

药学部现有工作人员41名，其中药学专业技术人员38人，主任药师1人，副主任药师4人，主管药师14人，主管中药师4人，中级以上职称占专业技术人员的60%。现有博士1人，硕士8人，大学本科14人，本科以上学历占专业技术人员的60%。

药学部拥有一支科研、教学能力较强的专业队伍。近年来已在各级刊物发表论文三十余篇专业论文，并承担多项市级科研项目的研究。负责南昌大学、广东医科大学等药学专业学生的实习带教工作。