深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）病理科是医院最早建科的科室之一，承担医院临床病理检测、科研和教学任务，在肝病、结核病、艾滋病、新突发传染病等病理亚专科方向具有特色，是深圳市感染病理学组牵头单位。

目前科室人员13名，具有高级职称5人，包括主任医师2名，副主任医师2名，副主任技师1名，绝大多数医师具有硕、博士研究生学历。

科室配置全自动免疫组化染色仪、全自动染色封片一体机、激光切割显微镜、荧光自动成像系统、组织荧光定量PCR分析仪等先进仪器设备，能够开展常规病理、快速冰冻病理、液基细胞学检查、细胞DNA定量检测、组织原位病原检测和癌组织突变基因检测等组织、细胞和分子病理检查与研究工作，每年完成病理检查约50000余例。

先后承担或参与国家自然基金、国家“十一五”“十二五”重大专项等课题20余项，与解放军总医院、中国医学科学院肿瘤医院、美国Drexel大学医学院等国内外相关实验室交流广泛。