民用航空医学研究所是中国民用航空局民用航空医学中心下设的研究机构，主要开展航空医学领域的相关研究，同时接受民航局委托制订相关的技术标准与管理规范，并根据授权实施安全监管，为保障航空安全提供技术支持。

研究所内设航空心理研究室、航空毒理药理研究室和航空环境与卫生研究室3个行政科室，以及航空毒理药理学实验室和航空环境卫生实验室两个实验室（通过国家CNAS和CMA实验室资质认证）。现有科研人员27人，其中博士后2人、博士5人、硕士10人，高级职称8人（正高1人、副高7人），中级职称9人，初级职称10人。

目前，研究所在研项目20项，科研经费共计2371万元，主要研究方向涉及航空人员心理选拔和鉴定、航空人员药物安全监管、航空器座舱环境及病媒生物防控、疲劳的生物学标志物研究等领域。在这些领域多年科研的基础上，利用产出究成果为保障民航持续安全提供了技术支持，完成了1万余名航空人员毒品和精神类药物专项检查， 93家运输航空公司3万余名飞行员的心理压力测试，近5万人次的招收飞行学员心理健康评定，自主研发的机载防疫包配备全国民航50多家航空公司，参与编写《飞行疲劳概论》、《民航飞行人员药物手册》、《航空航天毒理学与药理学》等。出版航空医学系列丛书《航空器消毒及病媒生物控制技术手册》，获国家专利4项。