男性生殖健康科成立于1988年，是甘肃省最早的独立建科的临床科室，以男性全生命周期生殖健康管理、促进为中心，保健和临床相结合。经过30年的持续发展，现已成为集医疗、教学、科研为一体的男性疾病诊疗中心，为中国男性不育联盟成员单位，中国男性不育遗传基因大数据筛查西北中心。设有男性孕前保健门诊、性医学门诊、前列腺疾病门诊、中医男科门诊、男性青春期门诊、男性更年期门诊等亚专业门诊。拥有相应的诊疗设备：美国阴茎硬度检测仪、以色列低能量无创冲击波治疗仪、阴茎敏感度检测仪、ZF1001F前列腺微波治疗仪、全自动精液分析仪，全自动精浆生化分析仪等多台设备。现有主任医师1名，主治医师2名，检验师2名，护士1名。其中硕士2人，本科4人。

科室人员参与完成国家研究生教材《生殖健康概论》1部、主编《男性生殖影响因素与干预》、《泌尿外科微创技术》等多部，科室主要科研项目包括：国家自然科学基金2项，甘肃省自然科学基金等课题5项，获甘肃科技进步三等奖1项，甘肃医学科技三等奖1项，发表国家级论文50余篇。科室成员为中国性学会妇幼男科专业委员会副主任委员、中国妇幼保健协会出生缺陷防治与分子遗传分会临床遗传学专业委员会委员、中国中西医结合男科青年学术委员会委员、甘肃省男科青年委员会委员等。