小儿普外新生儿外科，是甘肃省妇幼保健院小儿外科2002年成立后最早开展业务的亚专业之一，2022年由甘肃省妇幼保健院小儿外科分离独立成科，新生儿外科是目前甘肃省唯一 一家以治疗新生儿外科疾病为主的临床科室。科室开展业务包含小儿普通外科新生儿外科常见病多发病、复杂先天性结构畸形和感染性疾病以及肿瘤如：腹股沟斜疝、鞘膜积液 、血管瘤、淋巴管瘤、体表肿物、隐睾 、急性阑尾炎 、肠套叠 、梅克尔憩室、肠重复畸形、肠梗阻、腹部肿瘤；先天性结构畸形：先天性食道闭锁气管食管瘘、先天性巨结肠、胆总管囊肿、食管裂孔疝、先天性肠闭锁、肠狭窄、肠旋转不良、先天性十二指肠闭锁、环状胰腺、先天性膈疝、膈膨升、高位肛门闭锁、骶尾部畸胎瘤、新生儿卵巢囊肿、新生儿腹腔肿瘤、坏死性小肠结肠炎等疾病的治疗。

科室人员曾成功完成两例连体婴儿分离手术获得甘肃省卫生健康委员会通报表彰。员工多次在美国、韩国、广州、上海、杭州、南昌等国内外发达地区进修学习，常年与国内小儿普外新生儿外科领域的知名专家的交流协作。科室在甘肃省内率先开展单孔腹腔镜，目前微创技术已常规应用在常见病多发病的治疗以及先天性复杂结构畸形的治疗中。 2016年在甘肃省率先开展的新生儿胸腹腔镜微创技术填补甘肃省技术空白，微创技术已常规应用在先天性食道闭锁气管食管瘘、 先天性膈疝、 先天性肠闭锁、胆总管囊肿、肛门闭锁、先天性巨结肠等复杂结构畸形的治疗以及急腹症的治疗中。科室坚持以微创治疗为特色的技术发展路线，以人为本的服务理念，用我们专业的技术为甘肃以及西北地区的患儿健康保驾护航。