西藏自治区藏医院胃肠病专科是目前区内唯一一家三级甲等藏医医院胃肠(脾胃)重点专科，西藏自治区消化学会挂靠单位。1987年10月胃肠病专科正式成立为院级重点专科，其先为本院原临床研究所所属。2010年确定为省级重点专科， 2011年确定为国家中医药管理局重点“十一五”重点学科建设单位，2012年确定为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位。本专科以继承和弘扬藏医药特色优势为基础，以藏西医结合为发展导向，现已发展成为集临床、科研、教学一体的重点专科。专科设有门诊、专科病房、床位39张，并且各类藏医特色诊疗器械和现代化电子内窥镜以及13C呼气试验等诊疗设备配备俱全。胃肠专科现有25名医护人员，其中主任医师3名、副主任医师2名、主治医师6名、主管护师2名、医师及护师12名，其中包括5名硕士研究生和4名名老藏医学术继承人。

胃肠专科利用现代医学先进设备与独特的藏医特色疗法相结合，诊治临床常见的食管炎、返流性食管炎、消化性溃疡（胃、十二指肠）、浅表性胃炎、萎缩性胃炎、胆汁反流性胃炎、慢性肠炎、胆囊炎、胰腺炎、肝硬化、痔疮等疾病。先后获得了国家级奖4项、自治区级奖2项。且科室研发的6种新药均已投入临床使用成效明显。